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为bioms群-汕大洪 提供 还没有细看，待研究 http://www.dddc.ac.cn/pdtd/index.php Continue reading...

这个是帮师妹写的一个用于处理clusta序列比对的处理脚本，对序列比对的结果进行处理，统计出所有位置上对应的氨基酸残基种类数目，从而得出哪些位置为保守的，哪些位置为不保守的（种类数目越多，认为是不保守位置） 使用方法如下: 123456789101112Usage: aln.py [options] argOptions: -h, --help show this h... Continue reading...

最新版本:1.01beta 更新时间 2017/10/8 使用方法:将解压后的脚本放置于主文件夹（home主目录） 12chomd +x gromacs.sh./gromacs.sh 适用于系统:ubuntu 14.04和 16.04可选择安装的gmx版本: 1.gromacs2016版本 2.gromacs5.1.X版本 3.gromacs5.0.X版本 如有问题可以bioms群联系:西... Continue reading...

最近在读Python数据分析与挖掘实战发现《中医证型关联规则挖掘》中Apriori关联规则 通过百度发现来自苏剑林《用Pandas实现高效的Apriori算法》一文，书中代码 123456789101112131415161718192021222324252627#-*- coding: utf-8 -*-from __future__ import print_functionimpor... Continue reading...

视频如下，同时也可以进入优酷查看 优酷地址：点我进入 Continue reading...

Pharmmapper算是一个非常知名的由华东理工大学开发与维护的药效团匹配与潜在识别靶标平台，开始以为对自己的课题很有用，但是仔细研究发现可能自己的课题用不上，所以没有阅读其文献，在这里分享给大家可能算是一个初窥吧。 如果你需要经常使用这个在线服务，强烈建议通读原理和算法，这样计算的结果才更加真实更加正确！！！ 该服务的用途我理解为主要是通过已知的小分子化合物，去寻找其可能作用的靶点的过程... Continue reading...

SwissSimilarity是Swiss系提供的一个基于配体的虚拟筛选在线服务器。 主要的用途我觉得包含几个方面，1)一个是比如有一个小分子，需要找寻它潜在的靶标位点，作为一个找靶。2)另外一个是你有一个已知的靶点小分子，但是它的性能可能不好，你需要对其母环改造，那么可以进行骨架跃迁。3)还有一个应用就是你有一系列已知作用靶标的化合物，想找类似物进行合成优化，那么也可以进行LBVS进行初筛... Continue reading...

Anaconda是著名的python科学管理包，具有linux和windows两个版本，用来写Markdown或者python文档非常好用。特别是ipython notebook(Jupyter notebook) 更是一绝。Anaconda包含一个could包，提供3G的空间用来存储云笔记，类似与github，但是差别是自己看的，比较合适保存自己的文档。 Continue reading...

Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件，同时可以进行2D 3D格式的转换，也可以编写脚本。编译安装方法如下： Continue reading...

acdlab和marvin   待研究，信息来源于华中师大-精灵 Continue reading...