小康学习 | 计算化学与分子模拟爱好者

2017-08-19

Gromacs 5.1.2做拉伸动力学的几点笔记

因为后期实验需要用到，最近几天在学习拉伸动力学模拟，虽然拉伸动力学教程为5.X版本，但是自5.1版本对于pull模块还是有较大的变化，这里和大家分享一下其中遇到的问题和我自己的解决方法。英文版已经升级到5.1最新了，可能用5.1版本不会遇到这些问题首先第一条就遇到了一点小问题 gmx pdb2gmx -f input.pdb -ignh -ter -o complex.gro 其提示选... Continue reading...

2017-08-10

GromacsWrapper:Gromacs的Python框架包

GromacsWrapper是一个调用Gromacs工具的封装Python包，其能够完美的通过python脚本来运行gromacs工具。其相比shell脚本在错误处理和结构检测中更具优势，同时其模块化以及代码的循环利用也是该软件包的一大特色。其支持的gromacs版本有（v4.6.x, v5.x, and 2016.x）笔者写这篇文章时版本为0.6.2，版本更新请查看最新文档一、安装1... Continue reading...

2017-08-10

PLIP:蛋白配体联系分析工具

> PILP（Protein-Ligand Interaction Profiler）是一个在线的蛋白配体非共价联系的分析工具，其简单易用，同时提供Github版本利于学习其设计模式。PILP可以直接使用四字符的PDB code或者使用自己的pdb结构文件。之后分析复合物，结果将会展示所有可测定的在原子水平的非共价联系（氢键，水桥，盐桥，卤键，疏水联系，π-堆积，π-离子联系，金属复合... Continue reading...

2017-08-10

LigParGen:配体OPLS/CM1A力场在线生成

LigParGen是一个提供有机分子或者配体力场的在线服务网站，其能够提供键长，二面角以及Lennard-Jones OPLS-AA参数，电荷算法为1.14*CM1A或1.14*CM1A-LBCC。生成的配体力场可以非常容易的在Gromacs，NAMD以及OpenMM中使用，文章中说明将在不久提供Amber软件的支持。最大配体原子大小不超过200个原子，计算模型的电荷最大为正负2。该在... Continue reading...

2017-07-11

GROMACS之水中部分載脂蛋白

GROMACS之水中部分載脂蛋白本教程来自于李继存老师博客：http://jerkwin.coding.me/GMX/GMXtut-1/#%E6%A6%82%E8%BF%B0特此说明今天带和大家介绍一下gromacs最简单的教程，这个教程李老师已经组织翻译了一遍，翻译的质量非常高，我仍然炒一遍剩饭主要是想准备把自己所学的温故知新一遍，为了更加快速的进行模拟，我们将两个教程的蛋白进行了替换... Continue reading...

2017-06-21

非常有用的蛋白质科学工具与项目

翻译自，github:(2015版) 蛋白配体对接与评价AutoDock 4.2License:free, open-source (GNU GPL) 一个使用相对廉价的”hybrid”力场的分子对接与得分工具，该力场为半经验的方法（molecular mechanics as well as empirical terms）.其预测的绝对结合自由能相较于更大的计算量项目可能精确度较低，但这... Continue reading...

2017-06-20

Rosetta从头结构预测

此文档不完全翻译自官方从头预测文档当蛋白与已知解析蛋白结构为低相似性的时候从头预测变得非常有用。在从头预测算法中，蛋白序列在 n-mer 片段文库中进行phi/psi角采样来进行构象的扩展（extended conformation）和“折叠”。当整个蛋白质氨基酸残基数小于100以内时，其结果较为精确。官方有Rosetta@home计划的在线服务器，可以直接提交序列，然后在线服务器进行计算... Continue reading...

2017-06-13

Rosetta蛋白蛋白对接

蛋白蛋白对接一直是分子模拟中非常重要同时非常难解决的话题，相较于小分子蛋白之间的联系，蛋白蛋白对接如今更加不成熟，在蛋白蛋白对接之前，最好能够搜集更多的文献进行支持，让模拟的结果不空洞，才能保证对接的准确性。蛋白蛋白对接如今比较著名的软件有Hex Protein Docking，ZDock，rDock，以及Rosetta等等。其中Hex Protein Docking虽算法比较复杂，但... Continue reading...

2017-06-01

原创蛋白配体分割工具

我们用Gooey制作了一个蛋白配体分割工具。用以切割Pymol中保存的Autodock Vina对接结果。工具下载地址: https://pan.baidu.com/s/1jIzGh2A 密码: kwg2 我们用Pymol插件中的Autodock Vina对接,对接完后在Pymol中将蛋白配体结果全部保存，保存以后问题来了，我们如何进行分析和后续处理呢？比较简单的方法为进行手动切割，如图:... Continue reading...

2017-06-01

分子对接软件iGEMDOCK简单介绍

iGEMDOCK是一个台湾产的分子对接软件，其优势是简单易用，对接准确度较高，可以用于初筛和精度对接，也可用于金属对接（注：未试）。最后更新为2008年，但对接软件近几年发展缓慢，基本没有什么新的算法产生。其完整手册可从次下载：点我下载官方下载地址：点我进入 1.安装windows直接打开即可 linux赋权 1chmod 755 iGemdock/bin/* 执行脚本 12cd iGemd... Continue reading...