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MM/PBSA方法是一个非常有用的针对大分子特别是蛋白配体测亲和力很有用的方法。相对于自由能微扰(FEP)和热力学积分(TI),虽然准确度相对较低，但其计算量相对较小，比较适用于生物大分子体系。是一种对MD轨迹进行后处理以估计结合自由能的方法, 计算时会将溶剂视为均匀的连续介质, 并基于力场和隐式的连续介质模型, 对平衡轨迹中的许多帧进行平均, 以考虑温度的影响。其实该教程网上很多地方有，我... Continue reading...

最近遇到了两次需要初略估计蛋白长宽高的情况，其实这个非常简单，在pdb中查看卡迪尔坐标然后排序即可。这里和大家分享三种方法： 1.shell进行读取这个我之前其实有分享过,代码简单如下:12345678#!/bin/sh#作者：GROMACS中文组群: 广药-阿福#x轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $7}’| sort -n |sed -n ‘1... Continue reading...

教程B5 模拟绿色荧光蛋白原文:Jason Swails,Dave Case, Tai-Sung Lee译: 湖南大学-康文渊 建议移步查看许楠(浙江大学)修订的版本 绿色荧光... Continue reading...

首次版本:2015-12-3 第一次更新日期:2017-9-11第二次更新日期:2017-12-21 首先您可能需要安装CUDA和Openmpi 这里就不再详细说明，您阅读这篇文章时默认已经安装了这两个 我们以将amber安装在/home/kangsgo/mdinstall/md下为例： 1.进入目录：1cd /home/kangsgo/mdinstall/md 2.解压12345tar x... Continue reading...

介绍此文章不完全翻译自官方文档，不定期更新，欢迎关注 Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件，同时可以进行2D 3D格式的转换，也可以编写脚本。编译安装方法可以查看我们之前的文章。 对于python，Open Babel是支持的很好的，其包括了两个Python包，分别为openbabel模块和Pybel模块。 1.Openbabel模块 其包含标准的Python... Continue reading...

Gromacs非标准残基构建李老师其实已经有非常详细的实例来讲解如何进行非标准残基的搭建方法，此方法是之前根据李老师的方法结合amber教程进行改编的方法，可以作为参考。 我们使用ser磷酸化的蛋白作为实验，由于还未发表文章，暂时不提供示例步骤下载。若有问题可以邮件联系我交流：kangsgo#vip.qq.com 1.单独保存非标准残基我们首先使用pymol将sep独立导出12select ... Continue reading...

Python 图像教程介绍需要用到的软件 Python 3+ numpy matplotlib mahotas ipython&notebook 第一个项目:计算细胞核我们的第一个任务是进行细胞核的计算，你可以点击图像进行下载到本地跟着进行运行 ... Continue reading...

hi!各位好久不见，小伙伴们的科研道路是否顺利。我的导师告诉我要讲好故事，才能让人觉得生动有趣，所以我今天想用另外一种方式和大家分享今天发现的一个大玩意儿 故事的开始是我有一张图片，想计算图片里东西的长宽，如果一个一个数，一个个比，那太费劲了，所以就百度了一下，看一下有什么办法解决没有，然后谷歌到了一个python处理细胞细胞核的工具，觉得自己应该能够用的上（后面和大家分享），进一步挖掘发现... Continue reading...

FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下: 图片1 使用首先加载FocalBlur脚本:1run ... Continue reading...

我们需要提取下面的表格到本地，具体图片如下: 图片1 我们首先先点击表格右上角的JSON下载为JSON格式(假设保存的为data.json格式)，打开可以发现其数据与表格上的数据是有... Continue reading...