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可能很多人喜欢用pymol，其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件，只是不容易上手，可能不符合国人使用习惯用的人相对较少，这里简单介绍一下最近用到的Chimera补全蛋白缺失结构。 其实Chimera补全蛋白缺失结构主要是是利用的modeller，可以补全尾部结构或者中间的缺失结构，所以个人觉得对于之前介绍的GalaxyFill更加强大。 我们以PDB:1qln为例，1qln为T... Continue reading...

只是粗略翻译，未校正 此篇文章以RNA MD为舟，主要参考《RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview》一文3.2.3: Markov State Models一节。 近年来，马尔科夫状态模型（Markov State Model，MSM）方法在增强采样中得到... Continue reading...

GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大，比如用来进行蛋白的延长，甚至进行融合蛋白的制作。使用Galaxy需要为Linux 64-bit位系统请注意无法补全中间的缺失结构 安装 下载GalaxyFill项目: 1wget https://github.com/seoklab/GalaxyFill/archive/master.zip 解压 123... Continue reading...

相信小伙伴们人手可能有几个VPS，有一些国外的资源下载速度比较慢，一个方法就是拖到百度网盘然后再下载，另外一个比较好的办法就是拖到自己的vps中再下载，对于国外主机来说有时候下载内容的速度基本上是秒下，拖到国内的速度也比百度网盘非会员便宜。这里就简单介绍也是给自己做一个笔记如何进行到本地。 什么是SSH？简单说，SSH是一种网络协议，用于计算机之间的加密登录。 如果一个用户从本地计算机，使用... Continue reading...

大家都知道chimera的核酸绘图功能非常强大，一般大家理解的pymol核酸绘图功能就显得薄弱了，但是今天在看pymol的cartoon的时候无意间看到了其核酸绘图，发现实际上其功能还是不错的。 默认设置默认的一般有一个磷酸骨架和一个跨过核苷酸平面的枝棒，默认设置如下:1234set cartoon_nucleic_acid_mode, 0 # 骨架随后的磷酸盐，实际上pymol默认设置为4... Continue reading...

Rayray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。 使用1ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]] angle和shift将会生成立体的配对width和height为设置ray的长宽，可以超出现在的框架 例... Continue reading...

此文感谢建民兄的指导，才让我学习到这么有用的工具 起因有许多软件例如Dock 6.8，对于小分子的柔性对接支持并不那么好，这就导致了因为初始构像的不正确而导致了对接结果的不正确和不可靠，为了解决这个问题一个方法就是进行构像的生成，再进行多对接，整理得分排序。当然还有一个应用就是用于3D药效团的使用。网上有许多在线网站可以进行这方面的工作，但是最好用的我感觉还是openbabel神器！ 利用o... Continue reading...

这个脚本非常简单，个人觉得也很实用，对于初学linux或者bash的小伙伴们，我觉得在很多地方可以解放我们的小手。写的这个脚本是因为师弟师妹们有很多高斯文件需要计算，高斯的计算文件一般以gjf或者com结尾。所以要师弟师妹们把文件放到一个文件夹下，然后批量执行。为了以后的方便我还写了通过识别后缀是否执行。脚本全文如下:12345678910#!/bin/bashfor i in `ls` ;... Continue reading...

我这辈子没有见过什么世面，之前用的最好的显卡就是GTX750Ti了，有幸来到一个还算有钱的课题组，导师给配了一台装有E5-2696 v3 CPU，GTX1080TI显卡的电脑，不甚欢喜，爱不释手。没想到是填坑的开始，前前后后捣鼓了一个星期，把其中的坑慢慢总结，今天先记录一下我安装记录: 由于GTX1080TI在linux下没有开源驱动，所以安装ubuntu后啥也没有，需要安装闭源驱动。点此进... Continue reading...

MM/PBSA方法是一个非常有用的针对大分子特别是蛋白配体测亲和力很有用的方法。g_mmpbsa是一个针对GROMACS程序使用的MM/PBSA方法，最近在群里讨论非常多，最近一个膜蛋白体系使用该方法做出的结果发现一些问题，最近在找问题，所以先把g_mmpbsa的参数进行了研读，在这里分享给大家。 极性溶剂化能(Polar Solvation Energy)输入关键字polar1polar ... Continue reading...