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保存文件简单的保存笔记，仅个人之用，所以可能有点潦草 PyMOL可以使用save命令：保存 .pdb, .pqr, .mol, .sdf, .pkl, .pkla, .mmd, .out, .dat, .mmod, .pmo, .pov, .png, .pse, .psw, .aln, .fasta, .obj, .mtl, .wrl, .idtf, .dae, or .mol2格式 同样可... Continue reading...

有时候有一些蛋白是对称单元组成的，如铁蛋白，但是晶体结构pdb坐标只有一部分，另外一部分写在信息里，我们如果想看全部或者需要全部的pdb坐标，可以使用如下方法实现: Assembly该功能需要PyMOL 1.8以上设置对称单元，如下: 1234567set assembly, ""fetch 3bw1, asu, async=0set assembly, 1fetch 3bw1, assem... Continue reading...

原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学 在本教程中，我将向您展示如何在一个盒子的TIP4PEW水中创建一个包含一个OPLS力场甲烷的系统。 ##设置和以前一样，我们需要一个结构文件，一个拓扑文件和参数文件。我们将使用GROMACS工具gmx pdb2gmx从pdb文件生成拓扑。 用pdb2gmx设置残基对于这个分子，我们将使用OPLS力场。 力场位于顶层力场... Continue reading...

原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学 在本入门教程中，我将向您展示如何创建一个盒子的水，并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟。 最后我们会找出水的密度。 设置每个GROMACS模拟需要三个基本文件：结构（.gro / .pdb），拓扑（.top）和参数（.mdp）。 结构文件包含系统中每个原子位点的笛卡尔坐标。 该拓扑文件包含有关每个原子位点与其他原子位... Continue reading...

这些是针对初学者的一些GROMACS教程。没有必要按顺序完成教程，但前两个教程在进入其他教程之前是必不可少的，因为后续教程全部使用了来自教程2的甲烷的结构文件(methane.pdb)和拓扑文件(topol.top)。这些教程是为GROMACS 5.1及更高版本设计的。如果您使用的是旧版本，则某些命令或参数可能已更改。 特别要注意的是，自5.0和更早版本以来，伞状采样的代码已经发生了变化。 ... Continue reading...

转载请联系，且保留链接 PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。其打开了用户自定义的利用Rosetta采样方法和能量函数进行自定义建模的方法。 安装在下载页面选择合适的版本 1234567891011#解压tar -vjxf PyRosetta-<version>.tar.bz2.# 移动位置mv PyRosetta<version> Py... Continue reading...

转载请联系，且保留链接 使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾部的特定结合位点.该代码旨在模拟长柔性尾巴的范围并确定假设的结合位点是否合理。 该工具更有用于测试关于可能的构象的假设，并探索可用的构象空间，而不是找到“唯一真正的结合模式”。 如果你的尾巴真的很灵活，它可能没有一个“真正的结合模式”。 代码和演示代码位于rosetta/main... Continue reading...

转载请联系，且保留链接 PLUMED是许多分子动力学模拟包的插件，主要能进行MD的增强采样或者执行非常多的自由能计算方法。 可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。模拟的高分文章很多运用了该工具。 下载地址如下:plumed-2.4.1 快速安装如果你迫不及待的想练手，可以通过如下方... Continue reading...

该教程计划每周自己做一个 转载请联系，且保留链接 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹 流程 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹 使用GROUP关键字进行压缩和快速... Continue reading...

最近发现做了很多模拟，但是一些常规分析每次都需要进行查阅，套路化计算，我在想为何不能自动化每次模拟完自动执行一下呢？之前写了一个shell脚本的，现在看起来非常不高级，而且时间久了就会忘记，磨刀不误砍柴工，所以最近粗略的学习了Python自动化运维常用的两个模块，Pexpect和psutil，在这里简单介绍一下。 Pexpect简介Pexpect是一个终端自动交互python模块，十分易... Continue reading...