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gromacs小分子的配体的电荷问题一直时gromacs模拟蛋白-配体复合物中的难点与重点～网上有许多相关方面的教程，但是都没有成为系统，应李继存老师之邀，把最近摸索的方法过程总结出来，分享给大家～感谢网络上的朋友对我的帮助～ 我们以我现在在做的蛋白配体复合物进行模拟，蛋白质为AhR的PAS-B结构域，其是AhR转录因子的配体结合区～TCDD复合物是AhR的经典激动剂。 由于AhR晶体结构并... Continue reading...

英文版教程：点我查看 中文版教程：严重的然后口头禅····· 你可能需要用到的： 1.ADT和Autodock/vina的安装 2.Pymol安装与问题解决 3.Pymol插件：Autodock/Vina Continue reading...

大家知道在AutoDockTools中使用AutoDock Vina特别的复杂，但是Pymol这个插件非常的好用，可以代替AutoDockTools的使用，但是需要注意以下几点： 1. 该插件能正常使用的前提是：已经正常安装ADT/AutoDockTools；已经下载并安装AutoDock 和/或 AutoDock Vina。 2. 该插件的功能只是为AutoDock及AutoDock的运... Continue reading...

文章经：天理-小新发表的修改而成 大家对于audodock及autodocktools的安装问题及运行错误问题，就发到本帖子中，以方便大家以后参阅，谢谢%￥在此建议大家使用linux系统安装运行autodock和ADT因为: 1、win下的运行速度比linux下的运行速度慢 2、win下运行容易出错，第一次可能在win下运行成功，第二次可能生存的dlg文件很大，win下的autodock ... Continue reading...

今天晚上为了安装CUDA弄了半天，一切都是为了省那么1G的流量，哎，学校按照流量收费真的花不起啊～ 由于CUDA需要进入tty来解决，但是我电脑打开偏偏又黑屏，找到好久才找到一个解决办法： 编辑/etc/default/grub 修改GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT的值为nomodeset 更新grub：sudo update-grub 重启 参考文章：安装NVidia显... Continue reading...

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。 Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于pyt... Continue reading...

由于gromacs，amber等都需要CUDA的安装，所以我们将其额外的提出来讲解其安装 点击下载：CUDA驱动 我的选择如下： 第一个和第二个为本地安装，第三个为在线安装 深度截图2015120300272... Continue reading...

Sci-hub是一个非常好用的下载文献的在线网站，只需要输入DOI号或者连接，就会析出想要的文章 （不是全部）。方法也很简单： SCI-HUB地址：sci-hub.io 首先搜索到你需要的论文DOI号： 图片1... Continue reading...