小康学习

王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:07:29@吴萌@上海 ,取残基中两个特定原子间的距离可以吗，比如alpha碳，如果是残基质心的话，我觉得需要自己动手写脚本吴萌@上海(2425896046) 9:10:25我想分析的是两个residue间的距离随时间的变化情况王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:11:53每个残基好多原子，怎... Continue reading...

我们常常遇到想要选取配体周围几埃范围内的氨基酸，这样更有利于我们分析配体和周围氨基酸的作用。首先我们可以通过命令 12345678#ligand为选择配体的名字select ligand，resn x#设置为红色color red， ligand#配体5埃范围内的残基select 5A， byres ligand around 5show sticks, 5Acolor yellow, 5A... Continue reading...

g_mmpbsa现在可以不编译直接用，非常的方便，现在提供了4.5.x，4.6.x和5.0.x三个版本，暂时不支持5.1以上版本。 1.安装教程 先从这里下载预编译版本 1234tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gzcd binsudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/. 也可以设置环境... Continue reading...

这个主要是rostta下载的时候没有速度，所以想拖到vps上然后下载。 方法为在hostloc的朋友告知 wget http://user:passwd@url.com/xxx.files.tar.gz Continue reading...

此是记录的按照前面做了以后 废话不多说，先调整周期性1trjconv_mpi -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact 全部选择 0(“System”) 老规矩，作图 1gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 全... Continue reading...

自己之前稍微学习过一点PHP和Python的书籍，但是两个都学的不是很精，应该是项目做少了，还有就是前面学的非常不扎实，所以要从头学，找了这么多资料，个人感觉老齐的《从零开始学Python》非常不错，推荐给大家！   还发现一个国外特别经典但是国内翻译了的《笨方法学python》，推荐给大家～挺经典的 Continue reading...

个人还是比较喜欢用pymol插件做的，仁者见仁智者见智吧~ [video width=”800” height=”600” wmv=”http://kangsgo.com/wp-content/uploads/2016/01/vina_tutorial.wmv"][/video] Continue reading...

参数具体用法可以查看：官方文本 有空再翻译 ; ; File 'mdout.mdp' was generated ; By user: kangsgo (1000) ; On host: kangsgo-pc ; At date: Thu Dec 31 22:38:07 2015 ; 5.02参数所有备注 ; ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS ; Prepro... Continue reading...

网上VMD安装教程很多，也非常简单，在这里我只是为了给自己做一下笔记记录一下。 软件下载地址：点我下载 我选择的版本为：LINUX_64 OpenGL, CUDA, TachyonL-OptiX 下载后我放在了1/home/kangsgo/mdinstall/plot/ 文件夹下 解压文件12tar -xvf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64-RHEL5.opengl.tar... Continue reading...

来源：嘉晔@武汉 Continue reading...