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由于自己在使用G_mmbps时发现并不是那么准确,反复计算均未得到自己想要的结果,所以想试一下GMXPBSAtool得到的结果,但是安装和调试bug就花费了我一上午的时间,为了帮助大家更加快速的使用,我在这里总结一下经验分享给大家~ 1.Gromacs安装略应该这个不可以使用mpi版本,自己测试也无法完成,若需要用mpi版本应该需要改bash脚本,至少将gromacs命令相应更改(PS:我使... Continue reading...

1.先多模版比对123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839# Illustrates the SALIGN multiple structure/sequence alignmentfrom modeller import *log.verbose()env = environ()env.io.a... Continue reading...

文件下载地址：PorcupinePlot   Step 1:获得 extreme1.pdb 使用如下命令 1g_anaeig -s protein_CAlpha.pdb -f combinedItajectory.xtc -extr extreme1.pdb -first 1 -last 1 -nframes 50 Step2:使用文本编辑器，从extreme1.pdb保存第一个f... Continue reading...

原文地址：点我查看 英文好的建议看原文，我的英文不是很好，以免有翻译错误或者翻译不准确的地方 脚本下载地址：modevectors 使用： 加载脚本使用run命令 123modevectors first_obj_frame, last_obj_frame [,first_state=1 [,last_state=1 [,outname=modevectors \ [,head=1.0... Continue reading...

原文连接失效了，此为PDF版本：VMD-animations VMD版本 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。 第二步：导入轨迹 安装VMD，然后先导入十进制文件，再导入二进制轨迹文件（这些简... Continue reading...

待编辑： http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/att-15365/PorcupinePlot.tcl http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/9391.html   http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/p... Continue reading...

今天把新电脑装了Ubuntu15.10，装GPU加速版本，但是在gromacs安装的时候出现了问题，在cmake那一步就出错，make时也报错，make check直接显示找不到文件。 看错误日志发现CUDA的字眼，猜测是CUDA驱动版本是15.04的缘故，在网上搜，发现了相关教程。贴图如下： 按照先前安装教程安装 1.终端输入如下：1**nvcc -V**(注意大写V) 应该有类似输出：1... Continue reading...

标题：Molecular Dynamics Analysis Reveals Structural Insights into Mechanism of Nicotine N -Demethylation Catalyzed by Tobacco Cytochrome P450 Mono-Oxygenase 杂志：Plos One 年份: 2011 影响因子：3.24 文章下载：参考文献po... Continue reading...

原文名称：Automatic GROMACS Topology Generation and Comparisons of Force Fields for Solvation Free Energy Calculations 接受日期：2014年10月26日 影响因子:3.32 文章下载：本地下载 摘要：现在我们提供一个新的框架，这个框架能够全自动的生成GROMACS拓扑文件对于许多（an... Continue reading...

杂志：Am J Cancer Res 影响因子：3.98 接收：2015年8月 发表：2015年11月 一篇伊朗的研究论文 题目：Molecular dynamics simulation on the low sensitivity ofmutants of NEDD-8 activating enzyme forMLN4924 inhibitor as a cancer drug 全文... Continue reading...