小康学习

计算化学与分子模拟爱好者

2016-04-19
- 分子模拟
[读书笔记]高分分子模拟文章

标题：Molecular Dynamics and QM/MM Calculations predict the Substrate-Induced Gating of Cytochrome P450 BM3 and the Regio and Stereo-selctivity of Fatty Acid Hydroxylation 摘要：通过scratch理论预测酶的活性。我们发现MD模... Continue reading...
- Gromacs
2016-04-12
- 杂项
蛋白为什么在低温下也会变性

W：In cold water, the protein is surrounded by ordered water molecules in the hydration shell.Molecules in the shell are highly ordered and have low energy.Folding of a protein is (largely) ... Continue reading...
2016-04-08
- 绘图与可视化
Smartdraw 绘图软件学习

SmartDraw是世界上最流行的商业绘图软件。2006 年获美国政府司法部 (U.S. Department of Justice) 专用软件，2007获美国政府商务部 (US Department of Commence)选用。 ——摘自百度百科，软件待研究 Continue reading...
2016-03-28
- 杂项
[转载]利用PubReMiner进行科研初步选题

今天在科研动力看到一篇关于初步选题的文章，正好最近在找选题思路，所以就理一理，把内容结合自己的实际情况来做一遍，有兴趣的同学可以看文章原文：主要讲的内容为如何利用 PubReMiner 进行科研选题。粗略搜索首先要根据导师的意愿在 PubMed 中进行粗略的搜索。我的导师主要是想要我做分子模拟和实验相结合的内容，由于师兄主要从事芳香烃受体方面，分子模拟主要能够做突变以及和配体结合性的... Continue reading...
2016-03-25
- 分子模拟
输出trr精度文章/制定帧数

nstxout = 0 ; save coordinates every 2 psnstvout = 0 ; save velocities every 2 ps4.6.x 使用-b -e -dt 来控制指定帧数例：1trjconv_mpi -f mdwholeNOjump.xtc -s 1stframe.pdb -b 49000 -e 50000 -dt 100 -n index.ndx... Continue reading...
- Gromacs
2016-03-22
- 杂项
[读书笔记]生物信息学分析鸟类AhR和二恶英对于解密亚型，配体和物种特应性激活之间的联系

原文标题：In Silico Analysis of the Interaction of Avian Aryl Hydrocarbon Receptors and Dioxins to Decipher Isoform‑, Ligand‑, and Species-Specific Activations 影响因子：5.4 摘要：AhR调节有毒的TCDD和其他的二恶英类似物（DLCs）的应... Continue reading...
2016-03-22
- 杂项
在pubmed中设定影响因子筛选

首先下载2015年的sci的Excel，IF-2015 打开后选择影响因子大于你想要的影响因子（这里我们选择的大于5）的标题，如下图：捕获选择性粘贴进入word中 ... Continue reading...
2016-03-09
- 分子模拟
[原创]Epock官方手册翻译与理解

Epock是一个可以动态计算结合腔大小的一个软件，由于有VMD的可视化软件，所以非常的容易上手，简单~ 官网地址：点我查看翻译文档：点我下载 Continue reading...
2016-03-08
- 绘图与可视化
VMD操作笔记

1.保存图片： File->;Render->;Start Rendering Continue reading...
- VMD
2016-03-03
- 分子模拟
gromacs续跑问题

由于我EVO跑了50ns并未平衡，所以还需要继续加跑时间查看，在网上查了一些续跑的资料，现在续跑分享给大家～ 1.重启模拟（未测试）适用范围，突然停机等等，有检查点生成的 1mdrun -s md_0_1.tpr -cpi state.cpt –append _(不能改变核数) 以上 state.cpt 文件为最新生产的断点文件（ mdrun 会保存另外一个断点文件：_stateprev.... Continue reading...
- gromacs