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参考资料：待编辑 1.内容性推荐综合性网站推荐：小木虫论坛：一个综合性的论坛，项目非常杂，但是里面有非常多的资料分享。感觉对于交流和求知比较欠缺 。 bioms分子模拟论坛：是一个专业性质的论坛，主要集中讨论计算机辅助药物设计这一快，氛围非常好，但是最近活跃度有所下降。 哲科文：李继存老师的个人博客，主要是gromacs的一些中文教程，老师人也非常好 勤力既懒猪：一些模拟方面的教程 计算化学... Continue reading...

1.Gromacs笔记整理1.1.安装篇Gromacs2020 详细安装 (兼容gromacs5.X版本) Gromacs CUDA版一键安装脚本 【已失效】 1.2.核心教程1.2.1 James (Wes) Barnett教程Gromacs教程 GROMACS教程1-水 GROMACS教程2-水中的单个甲烷 1.2.2 简单教程GROMACS之水中部分載脂蛋白 1.2.3 蛋白配体教程... Continue reading...

此文不完全翻译自:Creating protocols with RosettaScripts 大家可能对RosettaScript可能并不陌生，因为Rosetta官网上非常多的教程都是用的脚本，脚本是使用xml文件来进行的。首先我们来看基本的骨架例子。1234567891011121314151617<ROSETTASCRIPTS> <SCOREFXNS> &l... Continue reading...

简介Relax在Rosetta中主要用于进行松弛(Relax)结构的工具。其通过交替使用packer(Rosetta进行侧链优化工具)和minimizer(Rosetta能量最小化工具)来获得结构的最低能量打分的变体。其通常用于对两个不同的结构之间简单比较。因此建议若目的是比较感兴趣的结构，可以运行松弛这些结构。 演示位于<path_to_Rosetta_directory>/d... Continue reading...

首次发布:2015-12-02 第一次更新:2017-12-21 第二次更新:2018-01-02 第三次更新:2019-12-06 gromacs2019以及gromacs2020版本之间其实相差不大 默认安装在各位文件夹（我的用户名yaolab）的install下： 一.预先安装：123456sudo apt-get install gccsudo apt-get install g++... Continue reading...

转载请联系，且保留链接 翻译自:MOLINFO 目标此命令主要是提供使用信息在已存在的系统中 流程plumed提供了三种识别不同的残基模式:MOLTYPE=protein,MOLTYPE=rna,MOLTYPE=dnaMOLINFO进行蛋白或者核酸pdb文件操作可以使用@特征符:12@"definition"-chainresiduenum@"definitio... Continue reading...

之前看到文献中有能量景观图，非常羡慕，而且感觉很高大上，等自己真正体会了主成分分析以后就比较释然了，但是若本身不是做模拟的，用来放一张图在支撑材料我感觉还是非常的好。 示例图如下: 图片1 ... Continue reading...

最近比较忙，拿出一篇以前翻译的教程凑数 关键词：一般设计 If you want to run supercharge now, the application is called ‘supercharge’ in src/apps/public/supercharge.cc. 这里有四个例子: (where ROSETTA3=path-to-Rosetta/main/source) 1$&... Continue reading...

在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模型一般使用tip3p模型，对于离子或者小分子的研究有时候使用tip4p的模型，这些在gromacs中都是含有的，但是水模型一直在发展，不同的体系可能对于水模型有较大的变化，具体可以查看水模型的综述页面。例如核酸中用的较多的除了tip4p-eW水模型以外还有OPC水模型，但是该水模... Continue reading...